公元1616年，位于东北的白山黑水区域，建州女真的领袖努尔赤成功整合了女真各部落。随着势力的增强，努尔赤以“七大恨”为由，正式宣布与明朝对立，并创立了自己的政权，即后金，自封为大汗。到了1619年，明朝的万历帝调动11万精兵，意图消灭新兴的后金政权。然而，在萨尔浒战役中，明军被努尔赤逐一击败，精锐部队几乎全军覆没。此役后，努尔赤掌握了东北战场的主动权，明朝历经200多年构建的东北防线崩溃，只能退守至狭窄的辽西走廊。

为抵御新兴的后金势力，明朝采取了策略，与昔日的对手蒙古结盟，联手对抗后金的威胁。蒙古帝国覆灭后，其领土逐渐分裂，经历漫长的冲突与合并，蒙古高原上最终形成了三大势力。这些势力以沙漠为分界线，分别是位于南部的漠南蒙古，北部的喀尔喀蒙古（由成吉思汗时期所征服的“林中百姓”后代组成），以及西部的漠西蒙古（瓦剌部后裔）。明朝结盟的对象是漠南蒙古，当时的领导人是林丹汗。林丹汗身为成吉思汗直系后裔，拥有尊贵的血统和强烈的正统观念。他麾下统率着十万精兵。后金势力崛起之时，林丹汗的势力也在壮大，他渴望重现祖先的辉煌，曾数次对大明朝发起进攻，但均未成功。最终，双方达成协议，停止相互攻击，转而共同面对后金的挑战。

1688年，漠西蒙古的准噶尔部首领噶尔丹带领军队攻打漠北的喀尔喀部。喀尔喀部在噶尔丹的猛烈攻势下溃败，随后向大清请求援助，希望共同抵御噶尔丹的侵犯。到了1690年，大清军队在乌兰布通战役中成功击败了准噶尔部的主力。战役结束后，康熙帝召集了漠南和漠北的蒙古各部首领到多伦进行会盟。在会盟之前，清军还举行了一场规模宏大的阅兵，展示了强大的军事实力。漠南和漠北的蒙古首领们被清军的雄壮气势深深震撼，他们对大清的忠诚也因此更加坚定。康熙帝利用这次会盟的机会，调解了漠北喀尔喀部内部的矛盾，并将漠北地区划分为36个旗，确立了大清对漠北的统治体系。由于漠北喀尔喀部位于内蒙古之外，人们通常称之为外蒙古。此外，康熙还将喀尔喀部的骑兵纳入清军的编制，这些骑兵在后来的清准战争中发挥了极其关键的作用。

漠西地区的蒙古部落，亦称作厄鲁特蒙古，其核心力量体现在准噶尔部族上。准噶尔部的领导人物噶尔丹，是一位颇具雄心的领袖，他不甘心仅仅作为大清帝国的附属存在，而是梦想着重振昔日蒙古帝国的荣光。然而，噶尔丹的命运似乎并不站在他这一边，因为他遭遇的是一个正处于强盛阶段的大清帝国，以及同样具备非凡才能的康熙帝。康熙皇帝曾亲自三次出征准噶尔，给予准噶尔汗国重创。康熙帝逝世后，雍正与乾隆两位继任者均延续了康熙制定的国家政策，对准噶尔汗国持续施加压力。终于，在1755年至1757年间，乾隆帝利用准噶尔汗国内部的动荡，两次派兵发起攻击，成功消灭了准噶尔汗国，完全占领了昔日的准噶尔领地。

1771年，漠西蒙古的一支，原本流亡于沙俄伏加尔河地带的土尔扈特部族，在其首领渥巴锡的带领下，突破俄军的重重封锁，毅然返回大清帝国。乾隆帝随后将他们安置在新疆地区，此举标志着所有蒙古部族均归顺于大清。因此，乾隆皇帝作为全蒙古的大汗，其地位无可争议。他曾公开宣称：“自此以后，所有蒙古部落，皆为我大清之臣民。”